Лейман Т.С.
АНАЛИЗ ПОЛИМОРФИЗМА МИНИМАЛЬНОГО ГАПЛОТИПА Y-ХРОМОСОМНОЙ ДНК В КАЗАХСКОЙ ПОПУЛЯЦИИ
РЕСПУБЛИКИ КАЗАХСТАН
Молекулярно-генетические лаборатории Центра судебной экспертизы МЮ РК в своей работе для проведения экспертиз, связанных с идентификацией личности и установлением родства используют анализ гипервариабельных STR-локусов аутосомной и Y-хромосомной ДНК. Чаще всего используется анализ аутосомной ДНК, но в некоторых случаях необходимо исследование мужской Y-хромосомной ДНК, например, при проведении экспертизы с целью идентификации личности по делам, связанным с половыми преступлениями, либо в сложных случаях установления родства по мужской линии.
Очень часто именно в экспертизах, связанных с половыми преступлениями, встречаются смешанные следы. Как правило, это смесь женской и мужской ДНК на тампонах с содержимым влагалища, заднего прохода, ротовой полости, предметах одежды, изымаемых у потерпевшей. Методом дифференциального лизиса на стадии выделения ДНК не всегда удается полностью разделить женскую и мужскую ДНК. Поэтому для анализа таких образцов, в которых заведомо содержится смесь ДНК, рекомендуется использовать наборы реактивов для амплификации, специфичные только для Y-хромосомной (мужской) ДНК, такие как «AmpFlSTR Yfiler PCR Amplification Kit» (Applied Byosistems, США) или «PowerPlex®Y System» (Promega Corporation, США).
Ha Y-хромосоме, так же как и на всех аутосомах, существуют полиморфные тандемные повторы - STR-локусы, которые проявляют этно-расовую специфичность, что требует знания частот встречаемости каждого этноса для получения достоверно значимых результатов.
В результате исследования выявляется гаплотип мужской ДНК, присутствующей в образце. Гаплотип Y-хромосомной ДНК, в отличие от генетического профиля аутосомной ДНК, не является уникальным для каждого человека. Определение гаплотипа Y-хромосомной ДНК относится к установлению групповых либо узкогрупповых признаков, которые присущи определенной группе лиц: 1) имеющим общую этническую группу (групповые признаки), 2) кровным родственникам по мужской линии - (узкогрупповые признаки). Так как Y-хромосома наследуется только по мужской линии, то у лиц, состоящих в кровном родстве, гаплотип совпадает: 1) по вертикали (дед-отец-сын); 2) по горизонтали (дядя-отец-сын-брат).
По гаплотипу также возможно отличить друг от друга представителей различных популяций.
При вероятностно-статистических расчетах гаплотип Y-хромосомной ДНК оценивается как один STR-локус.
В экспертной практике среди лиц, в отношении которых проводятся молекулярно-генетические исследования, наиболее часто встречаются представители казахской этнической принадлежности.
Ранее нами уже была проведена работа по анализу частот встречаемости аллелей 15-полиморфных аутосомных STR-локусов ДНК в казахской и русской популяциях Казахстана1.
В данной работе нами предпринята попытка анализа полиморфизма минимального гаплотипа в казахской популяции Казахстана.
Целью исследования было изучение полиморфизма и определение частот встречаемости минимального гаплотипа STR-локусов Y-хромосомной ДНК лиц казахской национальности, проживающих на территории Казахстана.
В основу исследования положены результаты экспертной практики лаборатории молекулярно-генетической экспертизы Института судебной экспертизы по г. Алматы Центра судебной экспертизы Министерства юстиции Республики Казахстан.
Нами были обобщены и изучены результаты молекулярно-генетических исследований за период с 2009 по 2013 гг. по идентификации личности. Выборка представлена образцами лиц, проходивших в качестве потерпевших и подозреваемых при производстве молекулярно-генетических экспертиз по различным категориям уголовных дел. Общее количество проанализированных по Y-хромосоме образцов составило 330. Для анализа были взяты гаплотипы лиц только казахской национальности (n = 276). Гаплотипы лиц, имеющих другую национальность или смешанное происхождение, не учитывались.
___________________
1 Ветринская А.А., Кузовлева Е.Б., Красоткин Е.В. Анализ частот встречаемости аллелей 15 полиморфных STR-локусов ДНК в казахской и русской популяциях Казахстана. /В сб. Доклады и сообщения международной научно-практической конференции «Восток-Запад: партнерство в судебной экспертизе». Алматы, 18-19 сентября, 2007 г. С.102-105.
Выделение ДНК из образцов крови и буккального эпителия проводили с использованием следующих наборов реактивов (по выбору эксперта): «ДНК-сорб-В» (АмплиСенс, Россия), «DNA IQ TM» (Promega,США), «ReadyAmpTM» (Promega, USA), согласно методике1.
Типирование полиморфных STR-локусов Y-хромосомы в полученных препаратах ДНК проводили в мультилокусном формате с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР) с использованием систем энзиматической амплификации «AmpFlSTR Yfiler PCR Amplification Kit» (Applied Byosistems, США) по 17 локусам (DYS456, DYS389-I, DYS390, DYS389-II, DYS458, DYS19, DYS385 a/b, DYS393, DYS391, DYS439, DYS635, DYS392, YGATAH4, DYS437, DYS438, DYS448) согласно методике2.
Полимеразную цепную реакцию проводили с использованием ДНК-амплификатора «GeneAmp PCR System 2720» («Applied Biosystems», США), внося в реакционную смесь (общий объем 25 мкл) по 10 мкл полученных препаратов геномной ДНК. Для оценки специфичности реакции амплификации использовали положительный (контрольная ДНК 9947А с известными генетическими признаками из набора реагентов) и отрицательный (проба без ДНК) контроли.
Разделение и детекцию флуоресцентно меченых амплифицированных фрагментов проводили с использованием генетического анализатора «ABI Prism 3130» («Applied Biosystems», США). Идентификацию аллелей проводили с помощью программного комплекса «GeneMapperlD» v.3.2 на основе входящего в состав набора аллельного лэддера.
Далее для целей настоящей работы был проведен статистический анализ исследуемой выборки по 7 локусам (DYS389-I, DYS390, DYS389-II, DYS19, DYS385 a/b, DYS393, DYS391, DYS392), так называемому минимальному гаплотипу. Анализ проводили с использованием программного обеспечения Microsoft Excel®.
В результате проведенных исследований для каждого образца ДНК из выборки получен минимальный гаплотип по 7 локусам Y-хромосомной ДНК. Результаты исследования представлены в таблице 1.
Таблица 1 - Анализ полиморфизма минимального гаплотипаУ-хромосомы в казахской популяции
№ п/п
Кол-во выявленных гаплотипов
DYS19
DYS389-1
DYS389-II
DYS390
DYS391
DYS392
DYS393
DYS385 а, b
1
26
16
13
29
25
10
11
13
12,13
2
21
16
13
30
25
10
11
13
12,13
3
18
13
14
29
23
10
12
13
13,17
4
10
16
14
31
25
10
11
13
12
5
9
15
12
29
23
10
13
12
13,18
6
6
13
14
31
24
9
11
14
16
7
5
16
13
31
25
10
11
13
12,13
8
4
14
14
30
19
11
13
13
13
9
4
15
12
28
23
10
13
12
13,18
10
4
15
13
29
24
10
11
14
12,14
11
3
13
13
30
23
10
14
14
15,17
12
3
13
14
30
23
10
11
12
15,16
13
3
14
13
28
23
10
12
12
12,19
14
3
15
14
31
25
10
11
13
12,16
15
3
16
13
29
25
10
11
13
11,12
16
3
16
14
31
24
9
11
13
12,17
17
3
16
13
30
25
11
11
14
11,14
18
2
13
14
19
23
10
12
13
13,17
19
2
13
14
29
23
10
12
13
13,18
20
2
13
14
30
23
10
12
13
13,17
21
2
14
13
29
23
11
11
12
13,16
22
2
14
13
30
21
11
13
13
13,16
23
2
14
14
29
23
10
14
14
11,13
24
2
14
14
30
24
10
11
12
13,18
25
2
15
12
28
23
11
12
12
12,17
26
2
15
12
29
22
10
10
14
15,16
27
2
15
13
30
24
9
11
13
12,16
28
2
15
13
30
24
9
11
13
12,17
29
2
16
13
29
24
10
11
13
12,13
30
2
16
13
29
25
10
10
13
12,13
31
2
16
13
30
25
10
10
13
10,14
32
2
16
13
33
24
11
11
13
14,15
33
2
16
14
30
25
10
11
13
12
34
2
16
14
31
23
10
11
13
11,14
35
2
16
14
33
25
10
12
13
11,14
36
2
16
15
32
25
10
11
13
12
37
2
16
13
29
25
10
10
13
12
38
2
16
13
30
25
11
11
13
11,15
_________________
1 Методика выделения ДНК из различных объектов биологического происхождения для молекулярно-генетического исследования. Астана, 2006. Государственный реестр судебно-экспертных методик судебно-экспертных исследований 17.1 (3).
2 Методика судебно-экспертного молекулярно-генетического исследования с целью установления кровного родства /Ветринская А.А, Кузовлева Е.Б. 2006. Государственный реестр судебно-экспертных методик судебно-экспертных исследований 17.1 (4); Методика судебно-экспертного молекулярно-генетического исследования с целью идентификации личности. Астана, 2006. Государственный реестр судебно-экспертных методик судебно-экспертных исследований 17.1 (4).
В общей сложности в исследуемой выборке (n = 276) выявлено 38 гаплотипов, которые встречаются более 1 раза - всего 170 образцов. В остальных образцах (n = 106) гаплотипы отличаются.
Наибольшим количеством совпадений характеризуются гаплотипы № 1 и № 2 (26 и 21 образец соответственно). Причем данные гаплотипы отличаются между собой на 1 аллель по локусу DYS389-II: в гаплотипе № 1 наблюдается аллель № 29, в гаплотипе № 2 - аллель № 30.
Гаплотип № 3 встречается 18 раз, № 4 -10 раз, № 5 - 9 раз, № 6 - 6 раз, № 7 - 5 раз. По 4 раза встречаются гаплотипы №№ 8-10, по 3 раза - гаплотипы №№ 11-17 и по 2 раза - гаплотипы №№ 18-38.
Таким образом, в результате проведенных исследований выявлен значительный генетический полиморфизм казахской популяции по минимальному гаплотипу Y-хромосомной ДНК, что свидетельствует о большой вариабельности генетических признаков.
Принимая во внимание, что в настоящее время имеют место значительные миграционные потоки внутри страны, а также тот факт, что в молекулярно-генетической лаборатории Института судебной экспертизы по г. Алматы проводятся экспертизы из всех регионов Казахстана, считаем, что полученные данные включают в себя информацию о гаплотипах лиц казахской национальности, проживающих в различных регионах и могут быть использованы применительно ко всему казахскому населению Казахстана. Однако, следует учитывать, что представители одной этнической группы (рода) традиционно проживают в определенной местности, поэтому распределение гаплотипов среди мужского населения в различных регионах может сильно отличаться. В связи с этим, считаем, что для получения полной картины распределения гаплотипов среди лиц казахской национальности необходимо увеличить размеры выборки и продолжить работу с привлечением данных, полученных в других лабораториях ЦСЭ МЮ РК.