Перейти к содержимому


Фотография

ИЗУЧЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ВАРИАБЕЛЬНОСТИ ЛОКУСОВ НАБОРА IDENTIFILER ДЛЯ ПОПУЛЯЦИИ УЗБЕКИСТАНА

тест днк анализ днк экспертиза днк установление отцовства определение отцовства установление родства определение родства генетическая экспертиза

  • Закрытая тема Тема закрыта
В этой теме нет ответов

#1 admin

admin

    Администратор

  • Администраторы
  • 2 728 сообщений
  • ГородМосква

Отправлено 06 октября 2016 - 08:18

Ахмедова Д.Ш.

 

ИЗУЧЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ВАРИАБЕЛЬНОСТИ ЛОКУСОВ НАБОРА IDENTIFILER ДЛЯ ПОПУЛЯЦИИ УЗБЕКИСТАНА

 

Ключевые слова: полиморфизм генов, популяционная генетика, набор «AmpFlSTRR Identifier TM PCR Amplification Kit», судебно-генетическая экспертиза.

Keywords: gene polymorphisms, population genetics, a set of «AmpFlSTRR Identifiler TM PCR Amplification Kit», forensic genetic expertise.

 

В настоящее время изучение полиморфизма ДНК проводится во многих популяциях мира, при этом большинстве исследуются гипервариабельные локусоспецифические последовательности ядерной ДНК. Эти исследования касаются изучения параметров неравновесия по сцеплению между близкорасположенными генетическими маркерами и имеют конечную цель: повышение эффективности молекулярно-генетического идентификационного анализа, в основе которого лежит феномен полиморфизма длины амплифицированных фрагментов ДНК.

В данном научном исследовании использовались мультиаллелльные маркеры ДНК, по своей природе являющиеся микросателлитами. Они отличаются особым типом строения, представленным тандемно-организованными повторяющимися последовательностями меньше 10 п.н. и содержат короткие последовательности ДНК (олигонуклеотидные звенья), многократно повторяющиеся один за другим. У разных людей в одном и том же локусе одной и той же хромосомы число тандемных повторов различается и этим достигается их вариабельность.

Впервые эти мультиаллелльные маркеры были использованы в исследованиях описанных в работах Джеффриса1. Первоначально молекулярно генетические исследования проводились в монолокусном формате. Прогресс в изучении вариабельности аутосомных микросателлитиных локусов стало возможным с применением эффективных мультилокусных амплификационных систем, таких как «AmpFlSTRR Identifiler™ PCR Amplification Kit»2.

________________________________

1 Jeffreys AI, Wilson V., Thein S.L. Individual-specific «fingerprints» of human DNA// Nature. 1985. V. 316. P. 76; Gill P., Jeffreys AJ., Werrett D.J. Forensic application of DNA «Fingerprints» //Nature. 1985. V. 318. P. 577.

2 Amp Fl STR R Identifiler TM PCR Amplication Kit, User's Manual. PE Biosystems, P/N 4323291.4. ABI PRIZM BigDye Terminator vl.l Cycle Sequencing Kit, Protocol, Part Number 433786, 2002.

 

Несмотря на прогресс в изучении частот распределения аллелей STR локусов и вероятности встречаемости генотипов для представителей коренной узбекской популяции в литературе не существуют. Для восполнения существующего пробела были проведены исследования ДНК 530 неродственных индивидуумов представителей коренной узбекской популяции из 13 регионов с использованием панели STR локусов D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1P0, D3S1358, ТН01, D13S317, D16S539, D2S1338, D19S433, vWA, TPOX, D5S818, D18S51 и FGA входящих в амплификационный набор «AmpFlSTRR Identifiler™ PCR Amplification Kit» с последующим генотипироваем на приборе ABI PRISM 3100 DNA Sequenser (PE Biosystems, США).

Целью данной работы является изучение генетической вариабельности полиморфизма аллелей STR локусов набора Identifiler коренного населения Узбекистана, расчет аллельных частот и других статистических данных, создание опорных данных используемых при расчете вероятности встречаемости генотипа при решении задач по идентификации и родства при проведении судебных молекулярно-генетических экспертиз.

Для достижения данной цели были поставлены следующие задачи:

- сбор биологических образцов от представителей коренной популяции Узбекистана;

- выделение и очистка тотальной ДНК из всех образцов;

- амплификация 15 аутосомных STR локусов;

- проведение фрагментного анализа 15 аутосомных STR локусов;

- программная обработка генотипов;

- составление таблицы аллельных частот и другие статистических параметров используемых при проведении судебных молекулярно-генетических экспертиз.

- занесение в базу данных генотипов исследованных образцов.

Выборка представлена из 13 различных регионов Узбекистана: г. Ташкент (41 человек), Сырдарьинская (42 человек), Джизаксая (44 человек), Ферганская (54 человек), Андижанская (46 человек), Наманганская (41 человек), Самаркандская (47 человек), Кашкадарьинская (41 человек), Сурхандарьинская (47 человек), Бухарская (26 человек), Навоийская (30 человек), Хорезмская (38 человек) и из Республики Каракалпакистан (33 человек). Забор слюны производили у взрослых жителей, принадлежащих к разным семьям, что позволяет рассматривать выборки случайными для популяций. Принадлежность индивида к конкретной коренной популяции определяли методом опроса родословной до трех поколений по обеим родительским линиям, с заполнением анкеты и с получением расписки о добровольной сдачи биообразцов.

Из объектов исследования выделяли препараты суммарной клеточной ДНК органическим методом1. Очистку от ингибиторов ПЦР и концентрирование ДНК проводили с помощью устройства Centricon-302. Качественную оценку выделенной ДНК проводили методом электрофореза на агарозном геле.

Для амплификации использовали набор энзиматической амплификации «AmpFlSTRRIdentifiler™ PCR Amplification Kit» (PE Biosystems, США)3. Для амплификации приготавливали пробирки Master Mix, которые содержат в Reaction Mix, Primer Set, и Taq ДНК полимеразу, с конечными концентрациями, соответственно, 7,5 мкл, 2,5 мкл и 0,5 мкл. В пробирки Master Mix по 5 мкл исследуемой ДНК. ПЦР амплификация проводилась по стандартному протоколу. Для проведения ПЦР амплификации использовали GeneAmp® ПЦР система 9700 с золотым 96-ячеечнным блоком (Applied Biosystems). Программа амплификации включала 28 циклов в режиме: 11 мин предварительной денатурации при 95°С, двадцати восьми циклов: 94°С - 1мин., 59°С - 1 мин., 72°С - 1 мин. Программу завершала элонгация при 60°С в течении 45 мин.

Фрагментный анализ проводили на приборе ABI PRISM 3100 DNA Sequenser (PE Biosystems, США). Для определения размеров амплифицированных продуктов используют стандартный набор DLIZ500 и AmpFlSTRR Identifiler™ Allelic ladder.

Размеры амплифицированных фрагментов геномной ДНК определяли с использованием внешних стандартов молекулярных масс путем компьютерной интерпретации «Data Collection Software v2.0», С помощью специального программного обеспечения компьютера «GeneMapper v3,5» получили спектрограммы (графическое изображение) генотипов состоящего из специфического набора номеров аллелей для каждого объекта в пределах пятнадцати локусов и пол специфичного гена амелогенина.

Расчет частоты аллелей по 15 КТП локусам проводили с применением алгоритма Powerstat algorithms (Promega Corp)4.

________________________________________

1 Amp Fl STR R Identifiler TM PCR Amplication Kit, User's Manual. PE Biosystems, P/N 4323291.4. ABI PRIZM BigDye Terminator vl.l Cycle Sequencing Kit, Protocol, Part Number 433786, 2002.

2 Operating Manual Centricon® 30 (100) Concentrators. - Amicon Inc, 1996.

3 Amp Fl STR R Identifiler TM PCR Amplication Kit, User's Manual. PE Biosystems, P/N 4323291.4. ABI PRIZM BigDye Terminator vl.l Cycle Sequencing Kit, Protocol, Part Number 433786, 2002.

4 Operating Manual Centricon® 30 (100) Concentrators. - Amicon Inc, 1996.

 

Расчет частоты аллелей 15 STR локусов (D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1P0, D3S1358, ТН01, D13S317, D16S539, D2S1338, D19S433, vWA, TPOX, D5S818, D18S51 и FGA) генотипов 530 коренных узбеков собранных из 13 регионов Узбекистана приведены в таблице 1. Все 15 локусов показали несущественное отклонение от ожидаемой Харди-Ваенберга - таблица 2. Семь из 15 локусов (D8S1179, D21S11, D2S1338, D19S433, D18S51 и FGA) оказались наиболее информативными генетической идентификации личности (Р1С > 0,8).

Распределение частот аллелей КТП локусов указывает на существование значительного внутрипопуляционного генетического разнообразия в исследованной популяции. Среднее значение наблюдаемой гетерозиготности по 15 локусам колеблется от 0,59 до 0,86.

Таким образом, результаты, полученные в ходе научно-исследовательской работы, восполнят критический дефицит мировой базы популяционных данных по Центрально-Азиатским генотипам, в частности, узбекам. Для популяционных исследований, эти данные будут иметь большой интерес в изучении человеческой популяционной генетики и филогенетического анализа. Также эти результаты будут использованы в качестве опорных параметров для стандартных вероятностных расчетов при оценке результатов судебных молекулярно-генетических экспертиз.

 

Таблица 1 - Аллельные частоты для локусов набора AmpFlSTRR Identifiler ТМ в узбекской популяции (N=1060)

 

040825110.JPG

 

040825111.JPG

 

Таблица 2 - Основные популяшционные характеристики для локусов D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PО, D3S1358, TH01,

D13S317, D16S539, D2S1338, D19S433, vWA. TPOX, D5S818, D18S51 и FGA узбекской популяции (N=1060)

 

040825112.JPG

 

 

Ахмедова Р.К., Кораблёва Н. В.,


 А д м и н и с т р а т о р

 e-mail: 111@fse.ms

 tel: 8(800)555-0-453 (Для регионов)

 tel: 8(495) 666-5-666 (Для Москвы и МО) 

 Wiber: +7(926)04080436 

 WhatsApp: +7(926)04080436

 

 Наш портал: http://sud-expertiza.ru

 Промо-сайт http://fse.ms

 

 




Темы с аналогичным тегами тест днк, анализ днк, экспертиза днк, установление отцовства, определение отцовства, установление родства, определение родства, генетическая экспертиза

Количество пользователей, читающих эту тему: 0

0 пользователей, 0 гостей, 0 анонимных

Бесплатные консультации судебных экспертов. Консультации экспертов и оценщиков круглосуточно. Мы работаем без праздников, выходных и без перерывов на обед. Работаем по субботам и по воскресеньям. Принимаем заявки на экспертные услуги в ночное время.