Правосудие у нас основано на принципе состязательности.
Есть мнение в пользу одной стороны - вторая сторона должна доказывать обратные факты. Судья принимает решение на основе собственных знаний и опыта, опираясь на ту доказательную базу, которую представили стороны. Наивно думать, что если судья, у которого есть Заключение эксперта, эксперт не поплыл на допросе будет назначать повторку просто на основании доводов юристов другой стороны.
Да, надо обжаловать решение и постараться назначить повторку. Я считаю, план действий должен быть такой: проводите внесудебное исследование в нём отвечаете на те же вопросы по существу и даёте критическую оценку Заключению эксперта. Во второй инстанции обжалуете решение суда и ходатайствуете о назначении повторки в связи с имеющимися неустранимыми противоречиями.
Накладно получится (2 исследования оплачивать). Но, боюсь, что деваться некуда.