Здравствуйте.
Конечно же, формулировки "в течение 5 лет" и "не менее 5 лет" - это не одно и то же. При помощи предлога "в течение" дается указание на промежуток времени, в процессе которого что-либо происходит, т. е. в данном случае документация должна храниться все время указанного периода (до 5 лет включительно); наречие "не менее", в свою очередь, указывает на нижнюю границу временного периода, т. е. означает, что 5 лет - это минимальный срок хранения документов. Таким образом, первая формулировка ограничивает срок хранения документов 5 годами (по истечении этого срока хранить их необязательно), вторая предполагает, что срок хранения документов может превышать этот срок, причем верхняя граница этого периода не обозначена (т. е. и через 10 лет хранения можно потребовать документы с обоснованием того, что срок хранения "не менее 5 лет").